Ich glaube da hast du etwas missverstanden. Es gibt keine Option, die direkt nach dem Download alles fertige von der Warteschlange löscht.
Aber es gibt die Funktion "Aufräumen". Unter Setup -> Diverses kannst du das automatisieren, alle x Minuten. Dann werden alle 100% Downloads und alle grünen Einträge aus der Par2 Liste gelöscht.
Was du wohl eingestellt hast ist, dass rar Dateien und par2 Dateien nach dem Entpacken gelöscht werden. Das bezieht sich aber nur auf Dateien in deinem eingestellten Download- Ordner.