In den Einstellungen im Punkt
"Par2", Unterpunkt "Entpacken" gibt es ein Feld in dem du Dateitypen angeben kannst, die nach dem Entpacken automatisch gelöscht werden sollen.
Wenn da die Dateierweiterung(en) die bei dir gelöscht werden NICHT aufgeführt werden, dann ist es wohl eher ein Windowsding. Wobei ich mich frage wie das sein kann/soll. Spontan würde mir da höchstens der Defender einfallen, wenn es sich um "befreite" Software handelt.
Der Punkt "Leere Ordner löschen" käme dafür eigentlich nur in Frage, wenn das Passwort zum Entpacken fehlt oder falsch ist, aber auch dann dürften die Teilarchive nicht gelöscht werden (weil nicht erfolgreich entpackt wurde). Und da du ja offensichtlich manuell entpacken kannst, wird es auch daran eher nicht liegen.